Le versement des aides est conditionné au respect d'un ensemble d'exigences sur l'exploitation, reposant sur des règles nouvelles ou des législations déjà existantes : la conditionnalité.

Après trois années de montée en puissance, le dispositif réglementaire s’est relativement stabilisé en 2008. Toutefois, sur demande de la Commission Européenne, la grille de calcul des pénalités évolue en 2009, tandis que des ajustements sont apportés en France sur les Bonnes Conditions Agricoles et Environnementales.

Calcul des sanctions :

Le Ministère de l’Agriculture a adopté une grille simplifiée de calcul des pénalités au titre de la conditionnalité des aides 2009. Les franchises ont été supprimées sur demande de la Commission Européenne, et les sanctions sont dorénavant exprimées directement en pourcentage de la réduction des aides, donc plus lourdes sur certains points de contrôle.
Ainsi, le constat d’au moins une anomalie majeure précédemment à 50 points se traduira directement par 3% de réduction sur les aides de l'année en cours. Les anomalies à 10 points sont pour la plupart transformées en 1% de réduction. Certaines anomalies à 2 points, si elles n'affectent pas la santé humaine et animale, peuvent être mises en conformité dans un délai déterminé, condition pour exonérer l’exploitant de la réduction immédiate des aides sur un minimum de 1%.

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